神棚を設ける位置は地域によって異なりますが、この項目では一般的な神棚を祀る位置を紹介します。
神棚を祀る位置は、明るく清潔で、大人が見上げるくらいの高さに棚を吊り設けます。どのような部屋に神棚を設けるべきかといいますと、家族が神さまに親しみを込めて祀ることがとても大切なので、家族がいつも集まる部屋がよいでしょう。
神棚を設ける際に気をつけなくてはならないのは、神さまに対して失礼な場所を避けることです。どのような場所なのかというと、神棚の下を人が出入りするような場所や、神棚の上（二階建以上の家の場合）を人が通るような場所です。
神棚は、南向きや東向き、または、東南向きにお祀りするのが好ましいといわれています。これは、太陽を尊む日本人の考え方が影響しているからです。しかし、神棚を設ける際に忘れてならないことは、部屋の中の静かな所に祀るということです。
住まいの間取りや設計上どうしても神棚を南向きや東向きなどにお祀りできない場合は、家族が集まる部屋の静かな場所であれば方角にこだわらなくても構いません。
神棚は、風水においては住まいの中の大切な聖域（サンクチュアリ）とされています。聖域である神棚を設ける場所の基本は、明るくて清浄な高い場所であることです。設ける場所の高さは、人の目線よりも高い位置が良いといわれています。
気をつけなければいけないことは、人の出入りの多いドアや襖、障子や掃出しの上などの神さまが落ち着かないような場所に神棚を設けるのは好ましくないということです。神棚の祀られているところは、住まいの最も上座に当たります。ですから、もし会社に神棚を設ける場合は、社長の席の背後や近くに設けるとよいでしょう。